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通过神威太湖之光加速AMBER软件的运动过程

消耗积分:0 | 格式:rar | 大小:1.54 MB | 2021-03-16

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　　AMBER是一款主流的分子动力学模拟软件，用于研究分子体系内的微观运动状态。为利用神威太湖之光的海量计算资源加速 AMBER软件模拟分子体系的运动过程，将 AMBER软件移植到SW26010处理器的主核上建立主从加速模型，实现 AMBER软件的从核并行化设计。在从核并行化的基础上提出主从异步流水化方案，利用Sw26ol0处理器从核的局部数据缓存和直接内存存取通道技术，解决从核访存速度过低及并行访存带宽受限的问题，并通过SIMD指令将部分从核代码向量化，进一步提升 AMBER软件在神威太湖之光平台上的计算性能。测试结果表明， AMBER热点函数的计算性能较优化前约提升1倍，单校组的整体性能较 Intel Xeon platinum8163约提升4.6倍。

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